日治時期，日本的衛生行政隸屬於警察系統，因此總督府在臺灣也加以沿用；日治時期，臺灣的衛生行政由警務系統負責執行，在臺灣總督府警務局下設衛生課，各州廳警務系統下則設衛生課或衛生系。其次，為維持臺灣社會傳統習慣，臺灣總督府將地方傳統自治組織「保甲制度」納編，結合警務行政系統，形成臺灣社會基層的行政組織。因此，地方的衛生行政事務，透過警察-保甲組織負責執行，再配合各地公醫以及地方開業醫等醫療系統，形成疫病監控與公衛系統。