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本會為獎勵二二八受難者直系血親卑親屬努力向學，於88年4月28日第42次董事會訂定「二二八紀念獎（助）學金申請辦法」，至今已實施六年，平均每年支出新台幣壹仟萬元。
由於政府實施歲出精簡政策，本會近年來並無任何外來經費奧援。93年在經費拮据的情況下，為使有限資源確實照顧到二二八受難者後代子孫中亟需救助之經濟弱勢族群，本會乃依第99次董監事會議提案研議修正，並於93年12月3日第100次董監事會議決議通過將「二二八紀念獎（助）學金申請辦法」修正為「二二八清寒獎助學金申請辦法」，自94年開始施實。
於97年7月30日第6屆第8次董監事會議進一步修正通過，將條文名稱修改為「二二八清寒獎學金申請及審核作業辦法」，以臻明確；另將條文名稱中之「獎助學金」修正為「獎學金」，以符實際。並為兼顧其他情況特殊之對象，符合資格之申請者除政府核定之低收入戶外，亦可由本會依職權調查認定，以免有遺珠之憾。且為強化本辦法適用上之彈性，學業及德育總平均成績雖未達標準，但有特殊表現（例如，曾經獲頒全國性或國際性之比賽獎項等事由）且品行優良經學校出具證明者，仍得核給獎學金。
在經費拮据的困境下，我們不得不將有限的資源運用於二二八受難遺族中亟需救助的經濟弱勢族群，敬請各位家屬諒察，並持續予與本會關注與指教。
凡本會調查認定在案的受難者直系親屬，為縣市政府列冊照護之低收入戶且成績符合規定者，可逕向基金會企劃處辦理獎助學金之申請，申請日期為每年10月1日至11月10日。
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